Carlos Guillén é presidente do conselho de administração da Ensino, Investigação e Administração (EIA), detentora da Atlântica – Instituto Superior Universitário. A ele se deve a entrada da empresa espanhola Carbures no capital da Universidade Atlântica em 2014, estatuto entretanto perdido, e o rumo seguido, desde então, pela instituição de que também já foi reitor.