O Tribunal de Contas (TdC) foi outra das entidades que lançou alertas sobre o sistema de controlo interno da Caixa Geral de Depósitos (CGD), tendo mesmo acusado o Ministério das Finanças de “falta de controlo” no banco público entre 2013 e 2015 e que o Estado aprovou documentos de prestação de contas sem ter a informação completa.