O Novo Banco teve benefícios fiscais de 64 milhões de euros nos últimos dois anos, sobretudo por isenção do pagamento dos impostos de selo (IS) e de transmissões onerosas de imóveis (IMT) que deveria ser cobrado na transferência de créditos e património do banco tóxico, o BES, para o Novo Banco. Em 2015, somaram 51 milhões de euros e totalizaram os 13,2 milhões no ano passado. Cerca de 90% to total destes benefícios foi garantido ao nível do IMT.