Este é um momento histórico. Acabámos de assinar três acordos sobre Timor-Leste entre a Indonésia e a Portuguesa”. Maio de 1999 estava a começar e Kofi Annan anunciava uma consulta popular que dava voz aos timorenses sobre o seu futuro. Três meses mais tarde, em 30 de agosto, 78,5% da população registada (344.580) pessoas votaram a favor da independência, rejeitando a proposta de autonomia especial como parte da Indonésia. Mais de dois mil observadores eleitorais acompanharam o referendo conduzido e certificado pela Missão das Nações Unidas em Timor-Leste (UNAMET), liderada pelo diplomata britânico Ian Martin. Os dias que se seguiram à consulta, cujo resultado foi anunciado no dia 3 de setembro, confirmaram a violência que se temia no pós-referendo, com origem em milícias pro-indonésia. A presença internacional de jornalistas e dos 2,3 mil observadores eleitorais mobilizados não travaram os atos de intimidação contra a população timoranse nem ataques contra escritórios da ONU. Perante a escalada de violência, foi estabelecida em Díli, por resolução do Conselho de Segurança da ONU, a Administração Transitória das Nações Unidas em Timor-Leste, liderada por Sérgio Vieira de Mello.