O Reitor da Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, António Fontainhas Fernandes é o presidente em exercício do Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas. A entidade coordenadora do ensino universitário integra como membros efetivos o conjunto das universidades públicas, o ISCTE – IUL e a Universidade Católica Portuguesa, num total de 15 instituições.